En primer lugar creamos el directorio js y un archivo por ejemplo, script y añadimos el siguiente código en el archivos functions.php de nuestra plantilla
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'add_my_script' );
function add_my_script() {
wp_enqueue_script(
'script', //asigne un nombre a su secuencia de comandos para que pueda adjuntar otras secuencias de comandos y cancelar el registro, etc.
get_template_directory_uri() . '/js/script.js', //esta es la ubicación de su archivo de script
array('jquery') //esta matriz enumera los scripts de los que depende su script
);
}